Felsefe diğer disiplinlerden sorgulama yöntemiyle ayrılır. Filozoflar, ilginç, harika veya şaşırtıcı buldukları bir konudaki şüpheleriyle ilgili anlaşılır örnekler verebilmek için, genellikle sorularını problemler veya bilmeceler olarak çerçevelendirirler. Bu sorular genellikle bir inanca ait varsayımlarla veya insanların karar vermek için kullandıkları yöntemlerle ilgilidir.

Filozoflar problemleri mantıksal bir şekilde ortaya koyarlar. Tarihsel olarak geleneksek mantıkın kıyaslarını, Frege ve Russell'dan itibaren de sembolik mantık kullanır ve daha sonra kritik okuma ve fikir yürütmelerle bir sonuca doğru ilerlerler. Sokrat gibi, tartışmayla, veya diğerlerinin ileri sürdükleri fikirlere cevap vererek, veya dikkatli kişisel düşünmeyle cevap ararlar. Filozoflar bu yöntemlerin birbirine göre üstünlükleirini tartışa gelmişler, örneğin felsefi "çözümlerin" nesnel, kesin yani gerçeklik hakkında bilgi veren mi; yoksa konuştuğumuz dilin mantığına açıklık kazandıran veya hatta kişisel terapi mi olduğunu sorgulamışlardır.

Dil filozofun en önemli aracıdır. Analitik felsefede felsefi yöntemle ilgili tartışmalar felsefe ve dille ilgiliydi. Kıta Avrupa'sı felsefesinde de benzer kaygılar vardır. Meta-felsefe, yani felsefenin felsefesi, felsefi problemlerin, felsefi çözümlerin ve problemden çözüme gidişteki yöntemlerin doğasını araştırır. Bu tartışmalar aynı zamanda dil ve yorum üzerine yapılan tartışmalarla da ilgilidir.

Bu tartışmalar da felsefenin konusunu oluşturur çünkü felsefenin kendisi de felsefi tartışmaların önemli bir parçası olagelmiştir.

Felsefe, yapısalcılık ve rekursivism gibi, parçalar arasındaki ilişkiler yoluyla da incelenmiştir. Bunun dışında, bilim felsefesi ve biofelsefe de vardır.